Disember 1949 - Ogos 1950, Mr.Asaat menjadi Acting Presiden Republik Indonesia di Yogyakarta. Dengan terbentuknya RIS (Republik Indonesia Syarikat), jawatannya sebagai Pemangku Presiden pada Ogos 1950 selesai, demikian juga jawatannya selaku ketua KNIP dan Badan Pekerjanya. Sebab pada bulan Ogos 1950, negara-negara bahagian RIS melebur diri dalam Negara Kesatuan RI. Saat menjadi Acting Presiden RI, Assaat menandatangani statuta pendirian Universiti Gadjah Mada di Yogyakarta.

Setelah pindah ke Jakarta, Mr. Assaat menjadi ahli parlimen (DPR-RI), hingga duduk dalam Kabinet Natsir menjadi Menteri Dalam Negeri (September 1950 hingga Mac 1951). Kabinet Natsir bubar, ia kembali menjadi ahli Parlimen.

Pada tahun 1955 beliau berkhidmat sebagai formatur Kabinet bersama Soekiman Wirjosandjojo dan Wilopo untuk mencalonkan Bung Hatta sebagai Perdana Menteri. Kerana waktu itu terjadi ketidakpuasan daerah terhadap beleid (polisi) pemerintahan Pusat. Daerah-daerah menyokong Bung Hatta, tetapi usaha tiga formatur tersebut menemui kegagalan, kerana secara formal, ditolak oleh Parlimen.